Negyed óra elteltével a Ferrari pilótái közül, Kimi Räikkönen is elérkezettnek látta az időt arra, hogy felmérje a terepet, és a finn a hatodik legjobb idővel nyitott, ezredmásodpercre azonos eredményt érve el a BMW-s Nick Heidfelddel. Az élen eközben a McLaren-Mercedes finn pilótája, Heikki Kovalainen állt, aki 1 perc 28 másodperc alá szorította a legjobb eredményt. Nem sokáig örülhetett a finn az első helynek, ugyanis csapattársa, Lewis Hamilton vette át a vezetést, aki egy újabb próbálkozással már 1 perc 27 másodpercen belülre került, miután elsőként tetette fel autójára az intermediate (köztes esőgumi) abroncsokat.

Húsz perccel a start után Felipe Massa is hozzálátott a munkához, aki a hetedik pozícióban nyitott. Az élre közben a pénteki második szabadedzés győztese, Timo Glok ugrott fel, akinek azonban pár perc után vissza kellett adnia a vezető pozíciót Hamiltonnak. A világbajnoki éllovas már 1 perc 26 másodpercen belül tett meg egy kört a pályán.

Az utolsó szabadedzés felénél járva már csak a Force Indiás Adrian Sutilnak nem volt mért köre, a német pilóta összesen három kört tett meg a pályán, és azóta a garázsban pihent. Csapattársa, Giancarlo Fisichella sem tartózkodott az aszfaltcsíkon, így az utolsó két helyet az indiai alakulat versenyzői foglalták el. A csapat fék, illetve hidraulikai problémákat igyekezett orvosolni a pilóták autóiban.

23 perccel a tréning leintése előtt Massának is sikerült 1 perc 26 másodpercen belülre kerülni, így a brazil átvette a vezetést legnagyobb riválisától, Hamiltontól. Időközben Sébastien Bourdais is tovább faragott legjobbján, ám a világbajnoki címért csatázó két versenyzőt nem tudta megelőzni és csak a harmadik volt ekkor.

Már csak 10 perc volt hátra az időmérő előtti utolsó szabadedzésből, amikor továbbra is Massa állt az élen, Glock volt a második, Hamilton pedig a harmadik, majd Mark Webber, Bourdais, Nakadzsima Kazuki, Nelsinho Piquet és Jarno Trulli volt a további a sorrend. A mezőny legvégén a két Force India állt, és már Sutilnak is volt mért köre.

Az utolsó öt percben nagy lett a forgalom a fudzsi pályán, hiszen szinte a mezőny minden tagja az aszfaltcsíkon tartózkodott, a Ferrari és a McLaren-Mercedes pilótáit kivéve. Kubica jött is egy remek időt, és átvette a vezetést Massától, ám néhány másodperccel később Piquet letaszította az élről a lengyelt, majd kettejük közé David Coulthard is befurakodott a Red Bull Racinggel.

Hamilton a 3. szabadedzésen nem került be a top tízbe

Közben Heidfeld, majd ismét Kubica ugrott az élre, az utolsó gyors körét futó Glock azonban a lengyelt már nem tudta megelőzni, és be kellett érnie a második pozícióval. Piquet a harmadik legjobb időt könyvelhette le, míg Heidfeld végül csak a negyedik pozícióban zárt. Mögöttük Nakadzsima, Coulthard, Massa, Webber, Fernando Alonso és Sebastian Vettel volt az első tíz sorrendje. A világbajnoki éllovas, Hamilton csak a 11. lett, míg Kovalainen a 15., Räikkönen pedig csak a 16. helyen zárt a kvalifikáció előtt.

A Force India pilótái foglalhatták el az utolsó helyeket, Sutil még meg tudta előzni Fisichellát.

Nem meglepő módon, a vizes aszfalton zajló gyakorláson sok hibát lehetett látni, többen vették igénybe a bukótereket. A Williams versenyzői az első kanyart vágták le, Trulli a hatos hajtűkanyarnál forgott meg, Räikkönen pedig az utolsó kanyarban pördült ki. Szerencsére az autókban nem keletkezett kár.

Az időmérő edzést magyar idő szerint reggel hét órakor rendezik a Fuji Speedwayen, és az autosport.com értesülése szerint sok csapat arra számít, hogy a kvalifikáción esni fog az eső.

Japán Nagydíj 3. szabadedzés
Poz	Pilóta	Csapat	Idő		Kör
1.	Robert Kubica	BMW Sauber	1:25.087		19
2.	Timo Glock	Toyota	1:25.171	+0.084	25
3.	Nelsinho Piquet	Renault	1:25.415	+0.328	19
4.	Nick Heidfeld	BMW Sauber	1:25.474	+0.387	24
5.	Nakadzsima Kazuki	Williams	1:25.563	+0.476	23
6.	David Coulthard	Red Bull Racing	1:25.614	+0.527	20
7.	Felipe Massa	Ferrari	1:25.709	+0.622	15
8.	Mark Webber	Red Bull Racing	1:25.785	+0.698	20
9.	Fernando Alonso	Renault	1:25.799	+0.712	19
10.	Sebastian Vettel	Toro Rosso	1:25.880	+0.793	24
11.	Lewis Hamilton	McLaren-Mercedes	1:25.901	+0.814	8
12.	Sébastien Bourdais	Toro Rosso	1:25.984	+0.897	22
13.	Jarno Trulli	Toyota	1:26.013	+0.926	21
14.	Nico Rosberg	Williams	1:26.213	+1.126	19
15.	Heikki Kovalainen	McLaren-Mercedes	1:26.239	+1.152	10
16.	Kimi Räikkönen	Ferrari	1:26.277	+1.190	18
17.	Rubens Barrichello	Honda	1:26.662	+1.575	22
18.	Jenson Button	Honda	1:26.922	+1.835	26
19.	Adrian Sutil	Force India	1:27.357	+2.270	12
20.	Giancarlo Fisichella	Force India	1:27.918	+2.831	17